一篇3分+文章教你如何实现生信数据与实验的完美结合，实现发文章的愿望

想必不少人手中都会有生信挖掘数据或测序数据，但是最头疼的是不知如何充分利用。今天丫丫通过一篇3分+文章的讲解告诉大家如何充分利用自己手里的生信数据，实现发文章的愿望，完成学业和升职的梦想！ 

1. 前言 

大量研究表明，细胞周期蛋白表达异常可促进肿瘤的发展，因此，为了寻找异常表达的细胞周期蛋白，作者首先通过生信数据挖掘（GEO和TCGA数据库）的方式寻找在肺腺癌中异常表达的细胞周期相关的基因；其次为了了解细胞周期蛋白的上下游调控的机制问题，作者因此通过数据库预测其相互作用的miRNA，从而寻找相关的关系对；最后，为了揭示靶基因的功能，作者通过检测该基因的mRNA及蛋白表达水平，荧光素酶报告基因验证miRNA-mRNA关系对，并通过敲除/过表达基因后，检测细胞增殖、周期、侵袭及转移的变化情况。

结果发现，miR-335-5P可以通过靶向下调CCNB2，从而抑制肺腺癌的发生发展，并将结果于2020年6月30号发表在Onco Targets online 上，即时影响因子为（IF=3.337）。现在了解了文章的思路，接着来看看文章的思路是如何展开的：

2. 研究结果

（1）CCNB2在肺腺癌中高表达且与预后差相关

作者经过生信数据挖掘发现，CCNB2在肺腺癌组织中异常高表达，经过Qrt-PCR\Western blot验证发现，CCNB2在肺腺癌细胞系中也异常高表达。因此，为了进一步确认该基因与肺腺癌的进展和预后是否相关，作者通过TCGA数据库中的肺腺癌表达谱和临床数据，分析该基因与临床分期、TNM及预后的关系，结果发现，该基因在TNM期中均异常表达，且CCNB2的表达随着 tumor stage 的增加而增加。由此证明，该基因可能与肺腺癌的进展和预后差相关。 

(2) 下调CCNB2表达抑制肺腺癌细胞的增殖、侵袭转移及细胞周期

经过生信的分析，初步确定研究的目标基因及初步了解该基因在肺腺癌中的作用。因此，生信挖掘是寻找研究方向及目标分子的重要手段。

接着，为了真正了解该基因的功能，那就必须通过实验手段揭示其中的奥妙。作者通过在肺腺癌细胞系中敲除CCNB2，并通过 MTT、colony formation 、FCM、Transwell 方法检测细胞活力、增殖、细胞周期和侵袭的过程，结果发现，与对照组相比，抑制CCNB2的表达抑制了肺腺癌细胞的增殖，侵袭和转移。 

（3）miR-335-5P-CCNB2关系对的预测及验证

确定了靶基因的功能，要想了解靶基因是通过怎样的机制进行调控的，作者因此就想到了CCNB2上游的miRNA，因此通过TCGA数据库中筛选在肺腺癌中异常表达的miRNA，并通过mirDIP和starBase两数据库预测差异表达的miRNA-mRNA关系对，最终预测到了miR-335-5p与CCNB2相互作用。经过生存预后分析发现，miR-335-5P的异常表达与预后显著相关，且高表达组的预后越好。其次，为了验证miRNA-CCNB2的相互作用关系，作者通过荧光素酶报告基因验证，发现miR-335-5P与CCNB2的3‘UTR区相互结合，这一结果证实了以上的预测结果。最后，作者通过实验和相关性分析发现：miR-335-5p表达与CCNB2成负相关。

（4）过表达miR-335-5p抑制CCNB2的表达从而抑制肺腺癌细胞的增殖、侵袭和转移

基于前面确定了miR-335-5P与CCNB2的相互作用关系且前面已知靶基因CCNB2的功能。因此作者猜想，是否通过改变miR-335-5P的表达水平，也会影响肿瘤的发展。作者通过过表达miRNA，并做相关的细胞实验，结果发现，过表达miR-335-5P可以通过靶向下调CCNB2，从而抑制肺腺癌的增殖、侵袭和转移。

3. 总结

文章到此完美收官，是不是看起来很简单，思路清晰，条理清楚、结果显著，方法简单，所需经费少，为了毕业，为了升职，经费不充裕的小伙伴们可以借鉴。

注：未经许可禁止转载！

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